La UNA cuenta con dos órganos de gobierno: El Consejo Directivo Universitario (CDU) y la Rectoría. El CDU es el órgano máximo de gobierno y está integrado por los miembros de la Rectoría, Jefes de Departamentos Académicos, un representante estudiantil por cada carrera, un representante de la asociación de graduados de la Universidad, un representante de los profesores, un representante del Consejo Asesor Universitario y el Auditor Interno; estos dos últimos con voz pero sin voto.

La Rectoría, que es el órgano que propone políticas y orientaciones, ejecuta las resoluciones del CDU y establece relaciones a nivel nacional e internacional, constituyendo así la instancia de dirección general de la Universidad. La Rectoría está conformada por el Rector, Vicerrector Académico, Vicerrector Administrativo y Secretario General.

La estructura organizativa de la UNA con los departamentos y direcciones que se desprenden de los entes que conforman la rectoría se muestran en la siguiente figura.